一、超过索赔时限，承包人并不必然丧失索赔权利
工程索赔是指在合同履行过程中，对于并非自己一方的过错，而是应由对方承担责任的情况造成的损失，向对方提出工期顺延和经济补偿的要求。
工程索赔的时限是指各类标准施工合同通用条款中规定的，或者是承发包双方在施工合同中约定的提出索赔的时间限制。
《建设工程施工合同1999年示范文本》第36.2条，规定的索赔时限是28天。《标准施工招标文件2007年版》第23.1条，规定的索赔时限也是28天，同时，还进一步规定，承包人未在28天内提出索赔请求的，即丧失要求追加付款和延长工期的权利。类似超过索赔时限即丧失索赔权利的约定，也常见于承发包双方签订的施工合同之中。
承包人未在施工合同中约定的索赔时限内提出索赔请求的，是否必然丧失索赔权利，是一个在审判实务中在存在重大分歧的问题。
第一种观点认为，在合同中设定索赔时限并且约定超过索赔时限即丧失索赔权利，是双方当事人的真实意思表示，对于承发包双方应当具有拘束力。有的法院和仲裁机构也以此为依据，对于超过合同约定的索赔时限提出索赔请求的不予支持。
第二种观点认为，工程索赔是一项请求权，应当适用民法通则诉讼时效的规定。诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。《民法通则》第135条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”。因此，工程索赔应当适用两年的诉讼时效。同时，依据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第二条规定，“当事人违反法律规定，约定延长或者缩短诉讼时效期间、预先放弃诉讼时效利益的，人民法院不予认可”。此种观点认为，合同中约定超过索赔时限提出索赔请求即丧失索赔权利的，是承发包双方通过约定的形式，改变了诉讼时效的法律规定。因此，这样的约定因违反法律规定无效，对当事人没有拘束力。
此外，第二种观点认为，理论是用于指导实践的，工程索赔的理论应当能够公平合理的解决工程实务中产生的索赔纠纷。鉴于目前国内建筑市场的实际情况，很多施工企业的合同管理和施工管理水平相对较低。如果一律按照合同通用条款及合同规定的索赔时限，处理索赔纠纷，就会使得很多施工企业超过索赔时限提出索赔的请求不能得到支持，其处理结果就会显示公平。
我们认同第二种观点，同时，这种观点也是当今审判实务的主流观点。
二、工程索赔的诉讼时效应当于工程结算完毕之日起计算
工程索赔的诉讼时效应当从何时起算，也是在审判实务中存在争议的问题。
第一种观点认为，工程索赔的诉讼时效应当从索赔事件结束时起计算。按照民事诉讼法的规定，诉讼时效从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。索赔事件已经结束，承包人已经能够计算出应当顺延的工期和补偿的费用，因此，工程索赔的诉讼时效就应当从索赔事件结束时起计算。工程索赔最迟应当于索赔事件结束之后的两年内提出。
第二种观点认为，工程索赔的诉讼时效应当于工程结算完毕之日起计算。
理由是建设工程的结算具有整体性。建设工程的特征之一就是周期长，很多施工合同的履行期限远远超过了两年。在施工过程中出现的索赔纠纷，承发包双方能够通过协商达成一致的，形成了签证，不能达成一致的，也应当继续施工，留待工程结算时一并处理。不能强求承包人就每一个未能协商一致的索赔请求，都在合同履行期内通过诉讼解决。工程结算时，承发包双方就已经达成一致的部分，可以先行结算，不能达成一致的索赔纠纷，仍然可以在结算以后通过协商或者诉讼的方式继续解决，并且法律没有规定工程结算以后不能再提出索赔请求。
我们认同第二种观点，同时，这种观点也是当今审判实务的主流观点。
结论：
1、超过索赔时限，承包人并不必然丧失索赔权利。超过索赔时限仍然可以提出索赔请求，仍然可以得到人民法院的支持。但是，我们还是建议承包人应当按照索赔时限提出索赔请求，这样容易得到发包人的认可，容易形成签证。
2、索赔的诉讼时效应当从工程结算完毕之日起计算。因此，工程索赔最迟应当于工程结算以后的两年内提出，前提是，结算文件中，不能含有“双方无其他争议”的排斥性约定。但是，鉴于有的法官还是认为，工程结算是承发包双方就工程价款的一次性了结，工程结算以后不再支持工程索赔的请求。因此，我们建议，工程索赔应当在工程结算时一并提出。
3、工程没有结算的，索赔请求适应当适用民法通则长时效的规定，即“，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护”。