施工合同中约定了发包人逾期支付工程款，应当按照每日万分之五支付违约金，承包人是否还可以同时主张逾期支付工程款的利息
答案是肯定的，上述情况承包人可以同时主张逾期支付工程款的违约金和利息。
中华人民共和国建设部和国家工商行政管理局联合发布的《建设工程施工合同》99范本第33.3条规定，“发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任”。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”。
可见，逾期支付工程款，发包人要按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率给付利息，这是法律规定，即使施工合同中没有约定，承包人仍然可以依据法律规定主张权利。
依据以上规定，施工合同中约定了逾期支付工程款的违约金，没有约定利息的，承包人可以同时主张违约金和利息；但是，施工合同中只约定了利息，没有约定违约金的，则承包人只能主张利息，不能主张违约金；施工合同中既没有约定违约金，也没有约定利息的，承包人仍然可以按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率主张利息。
因此，建议承包人在施工合同中要约定逾期支付工程款的违约金。